Každá ninjovská dedina má svojich ninjov, ktorí slúžia na rôzne účely. Samozrejme väčšina úloh je na chránenie mesta, no sú aj misie ako napríklad na pomáhanie iným ľuďom. Väčšinou to stojí nejaké peniaze, no ak je zákazníkom postarší príslušník dediny, môže mu byť odpustené. Ninjovia chodia aj do susedních dedín, a podľa obtiažnosti misie im potom zaplatia. Misie sa radia do piatich kategórií, rozdelených podľa obtiažnosti. D misie plnia najčastejšie geninovia. Sú to misie veľmi jednoduché a nenachádzajú sa tam žiadne boje či nebezpečné akcie. Tieto misie sa väčšinou plnia v trojčlennom geninskom tíme spolu s veliteľom – joninom. V týchto misiách majú za úlohu geninovia napríklad chytiť mačku, umyť riad, pomôcť starším ľudom, vyvenčiť psov, či dokonca pomôcť v záhradke. C misie B misie S misie V každej dedine je niečo ako hlavný stan, hlavné centrum, kde má kanceláriu kage. Tam rozdeľuje misie rôznym tímom, ktoré kage zapisuje. Niekedy dostane misiu priamo len vodca, no to sa nestáva celkom často.MISIE
D misie
C misie sú už trošku zložitejšie ako D misie. Plnia ich ešte stále geninovia, no už tí skúsenejší. Je to vlastne taká príprava na boje. Väčšinou sa tam boje nevyskytujú, no ak by náhodou ninjov prepadli, je tam aj jeden jonin, ktorý boj ukončí. V týchto úlohách musia geninovia napríklad vyprevadiť ľudí do inej dediny alebo doručiť menej dôležité listy.
B misie sú už dosť zložité a je dosť pravdepodobné, že sa v nich vyskytne boj. Tieto misie už neplnia geninovia, ale skúsení chuninovia alebo neskúsení joninovia. V týchto misiách majú za úlohu doručiť po nebezpečných cestách dôležité zvitky a je tu určité riziko, že sa vyskytne boj s nepriateľskými ninjami.
A misie
A misie sú asi najbežnejšie úlohy ninjov. Tieito misie plnia len joninovia alebo už dokonca aj ANBU. V týchto misiách je bežnou vecou boj. Za úlohu majú ninjovia napríklad zničiť všetkých bojovníkov alebo sledovať skrýšu nepriateľov.
S misie sú najnebezpečnejšie misie. V kritickom stave ich môžu plniť aj geninovia, pričom kritický stav znamená napríklad invázia na dedinu. V stave núdze dokonca môže plniť misiu aj kage.
Zbrane a pomocky
Shurikeny, kunaie, výbušné lístky, bombičky, ihlice, katany… toto všetko patrí medzi najpoužívanejšie zbrane. Sú povolené aj v oficiálnych súbojoch, či skúškach. Avšak sú nejaké pomôcky, ktoré smrteľne ohrozia súperovo zdravie. Ninjovia ich väčšinou nosia pri sebe napríklad v taštičkách pripevnených na nohe. Zbrane sa aj dajú vložiť do rôznych zvitkov a následne vyvolať v boji, ako to robí napríklad TenTen.
Shuriken
Shurikeny sú typické zbrane v tvare hviezdy, ktorú má pri sebe každý ninja. Sú to jedny z najčastejších zbraní. Klasický shuriken má 4 cípy, ale môže mať aj 3 či 5. Používajú sa hlavne na útok a nič iné. Sú ľahké a ľahko sa hádžu. Shurikeny a kunaie sú najčastejšie uložené v púzdrach pripevnených na nohách. Shurikeny môžu byť aj veľmi veľké, to sú už však Dai Shurikeny. Používal ich napríklad aj Mizuki hneď v prvej epizóde.
Je tiež aj špeciálny Fuuma Shuriken (Veterný mlyn Shuriken).
Ten sa nosí tak, že sú všetky jeho ramená spojené a pre použitie sa musí roztvoriť.
Kunai
Kunai je taktiež zbraň určená na útok, ale aj pomôcka na rôzne pasce. Na takéto pasce stačí zapychnúť kunai do zeme, na ne naniesť tenké špeciálne drôty a výbušné lístky. Po tom, čo si ich nepriateľ nevšimne a stúpi na ne, má len malú šancu sa tomuto výbuchu vyhnúť. Kunai slúži taktiež na obyčajné hádzanie a dobre sa s nimi trénuje. Ninjovia často používajú Kunaie aj ako obyčajné nože, keď sa potrebujú odniekiaľ dostať či niečo prerezať a podobne.
Výbušné lístky
Výbušné lístky sú ľahko použiteľné lístky s japonským nápisombaku. Druhy týchto lístkov sú dva, aj keď každý slúži na rovnakú úlohu. Prvý typ sa aktivuje na okamžitú explóziu po dotyku. Tieto sú často pridané (prilepené) na rôzne zbrane ako napríklad kunai. Druhý typ sa aktivuje po spravení ručnej pečate, ale začne pomaly horieť, čo má za následok obrovskú explóziu.
Plynové bomby
Plynové bomby sú väčšinou určené na zmätenie nepriateľa. Používajú sa väčšinou na útek, aby protivník nezistil miesto úteku. Je aj ďalší typ, jedovaté plynové bomby, ktoré sú určené na otrávenie protivníka. Plyn jedovatej bomby má väčšinou fialovú farbu. Často ich používajú bábkari, ktorí ich vkladajú do svojich bábok, ktoré ich následne strieľajú, ako napríklad Kankuro alebo Karasu.
Hádzacie ihlice (senbon)
Špeciálne ihlice sú veľmi jemné, no dá sa nimi zabíjať. Sú väčšinou používané medikmi alebo členmi ANBU, ktorí ich používajú na tiché zabíjanie. Sú veľmi presné, takže sa tým dá presne zastaviť nejaký orgán, či dokonca dočasne usmrtiť protivníka.
HyourouGan - vojenské pilulky
HyourouGan sú špeciálne vojenské pilulky, ktoré po prehltnutí dovolia vojakovi bojovať niekoľko dní bez odpočinku. Sú plné proteínov a špeciálnych dráždidiel, ktoré na tú dobu zvyšujú používateľovu chakru. Potom však tieto pilulky spôsobujú obrovskú bolesť, či dokonca trvalé poškodenia a preto nemôžu byť používané príliš často. Akimichi Chouji mal špeciálne pilulky - žltú, zelenú a červenú, ktoré mu dali neuveriteľnú silu a chakru. Po použití však skoro zomrel.
Katany
Klasické meče, podobne ako katany, sú vyrobené z ťažkého kovu a slúžia na zabíjanie. Sú taktiež výnimky, ako je napríklad meč Samaheda, ktorý používa Hoshigaki Kisame, člen Akatsuki. Samaheda, meč zo žraločích šupín, je špeciálny na pohlcovanie charky. Skladá sa z tvrdého kovu, na ňom sú pripevnené šupiny a celý je obklopený obväzom. Alebo Kusanagi (Orochimaruov meč) je veľmi cenný meč, ktorý dokáže preseknúť napríklad aj diamant. Orochimaru ho má v sebe uložený. Podobne aj v Shippuudene Sasukeho meč. Sasuke si doň vložil svoje chidori, aby mal jeho meč ešte väčšiu silu. Dokáže tiež pohlcovať charku a mnoho ďalších druhov mečov.
Samehada
Samehada je veľmi zvláštny obrovský meč. Celý meč sa skladá len z čepele, navrchu pokrytej špeciálnymi, extrémne ostrými žraločími šupinami, ktoré sú vedľa seba poukladané a čepeľ nie je možné vidieť. Celý meč je ale obviazaný obväzom. Samehada je mečom jedného zo siedmich legendárnych šermiarov Hmlistovej dediny a taktiež člena Akatsuki – Hoshigaki Kisameho a po prvý raz ho v anime seriáli bolo možné vidieť v epizóde 81, v ktorej Kisame spolu so svojím partnerom Uchiha Itachim prišli do Konohy.
Taijutsu
Taijutsu (tai = telo; jutsu = technika) je skupina ninjovských techník, pri ktorých sa bojuje hlavne pomocou tela a nepoužívajú sa žiadne zbrane. Taktiež sa pri použití taijutsu neformulujú žiadne ručné pečate. Pri niektorých taijutsu technikách je však potrebná aj špeciálna ninjovská energia – chakra. Tú ninjovia získavajú po tvrdom tréningu tela. Vo všeobecnosti, na zvládnutie aj zložitejších taijutsu techník, potrebuje mať ninja vypracované telo a mať veľkú silu i rýchlosť.